科學(xué)家開發(fā)一種通過小規(guī)模測(cè)序檢測(cè)癌癥DNA的新方法
癌癥患者的腫瘤細(xì)胞會(huì)釋放部分DNA片段到血液中,這些來自腫瘤組織的DNA片段會(huì)攜帶突變。通過基因檢測(cè),發(fā)現(xiàn)突變位點(diǎn),找出特定的腫瘤DNA片段,就可以為患者制定更加有效,副作用更小的治療方案。
但精確地檢測(cè)低豐度DNA難度大,特別是在尋找癌癥治療后留下的少量腫瘤細(xì)胞方面(稱為“微小殘留病”,或MRD,minimal residual disease),目前的技術(shù)需要通過大量測(cè)序才能找到。因此,亟需開發(fā)新的方法,提高檢測(cè)靈敏度,降低檢測(cè)成本。
近日,美國麻省理工學(xué)院和哈佛大學(xué)的研究團(tuán)隊(duì)開發(fā)了一種名為“通過識(shí)別寡核苷酸富集次要等位基因測(cè)序”的新方法MAESTRO(minor allele enriched sequencing through recognition oligonucleotides),能以較小的測(cè)序規(guī)模,準(zhǔn)確、高效地從患者血液樣本中識(shí)別出數(shù)千個(gè)DNA突變,有望以更低的成本協(xié)助檢測(cè)患者體內(nèi)的殘存癌細(xì)胞,及時(shí)開展疾病復(fù)發(fā)監(jiān)測(cè)。
該研究中,研究人員首先對(duì)患者的腫瘤活檢進(jìn)行測(cè)序,了解突變的情況。根據(jù)突變信息,針對(duì)性的開發(fā)出僅與腫瘤相關(guān)的DNA序列結(jié)合的分子探針,用以富集血液樣本中游離的腫瘤相關(guān)DNA,優(yōu)化測(cè)序樣本,提升從血液樣本中識(shí)別出罕見癌癥突變的能力。
相關(guān)論文“Massively parallel enrichment of low-frequency alleles enables duplex sequencing at low depth”近日發(fā)表于《Nature Biomedical Engineering》雜志。
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